Le Noci Deku sono degli strumenti presenti in Ocarina of Time e in Majora's Mask.
Le Noci Deku sono il seme delle Deku Baba, a differenza dei Deku Stick che sono il loro gambo. Le Noci Deku hanno la strana capacità di esplodere e accecare con una luce abbagliante nel caso sia scagliata contro una superfice. Sono principalmente usate dagli Sheikah per scomparire velocemente senza farsi vedere dagli altri. Questa tecnica veniva usata anche da Sheik. L'unico effetto delle Noci Deku è quindi quello di paralizzare il nemico dopo averlo accecato con un flash abbagliante. Stranamente, alcuni nemici potentissimi come Ganondorf sono affetti dal potere stordente delle Noci Deku.
I Deku Scrub hanno imparato a usare le Noci Deku come arma da lancio. Gli Scrub sono infatti famosi per il loro modo di attaccare, sputando Noci Deku dalla loro bocca. Chi viene colpito, può sempre usare uno scudo per respingere le Noci Deku agli Scrub. Quando Link è trasformato in Deku Scrub, può sganciare delle Noci Deku mentre è in volo, usandole come bombe.
In Twilight Princess, le Noci Deku appaiono solo quando una Deku Baba muore, e quindi la sua testa rimasta si secca. Queste Noci però non hanno l'abilità di stordire. Link può raccogliere queste Noci Deku e lanciarle contro i nemici, anche se non possono essere trasportate con sè come i normali oggetti. Quando si spaccano, queste Noci rilasciano Semi di Zucca da usare con la Fionda.
Le Noci Deku appaiono inoltre come strumento in Super Smash Bros. Brawl.